Universitas Kristen Immanuel (UKRIM) didirikan pada tanggal 21 Juni 1982, diasuh oleh Yayasan Iman Indonesia yang disahkan akte notaris Abdul Latief, SH., nomor 182 tanggal 30 Juni 1976. Tahun 1986 mengalami perubahan akte nomor 94, tanggal 26 Mei 1986 dengan notaris Suryanto Partaningrat, SH. Sebagai pimpinan Yayasan Iman Indonesia adalah DR. Chris Marantika.

Nama-nama pendiri Yayasan :

1. DR. Chris Marantika
2. DR. Daniel Marantika
3. John Remberth, B.Th
4. Titus Abraham
5. A.Y. Serworwora, SH

Tahun 1987 UKRIM memperoleh status Terdaftar  berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor : 0435/0/1987 untuk ketiga Fakultas yaitu :

1. Fakultas Ekonomi prodi Manajemen
2. Fakultas Teknik prodi Teknik Sipil
3. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
    prodi Fisika

Disamping 3 Fakultas ini, ada 1 fakultas lain di bawah naungan Bimas Kristen (Protestan) Departemen Agama Republik Indonesia, yaitu :Fakultas Agama Kristen dengan 2 prodi yaitu Pendidikan Agama Kristen dan Musik Gereja.

Dan pada tahun 1991 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) menambah satu prodi lagi, yaitu program studi Ilmu Komputer dengan memperoleh status Terdaftar untuk program S1 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, nomor : 0352/0/1991 tanggal 19 Juni 1991.

Pada tahun 1993 tepatnya tanggal 16 Agustus, Fakultas Ekonomi dan Fakultas Teknik UKRIM menerima status Diakui melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, nomor : 510/DIKTI/KEP/1993.

Setelah melalui proses yang panjang, pada tanggal 26 Oktober 1998 Fakultas Ekonomi menambah 1 program studi lagi yaitu Akuntansi melalui surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, nomor : 398/DIKTI/Kep/1998.

Dua bulan kemudian tepatnya tanggal 22 Desember 1998, Fakultas Teknik UKRIM mendapatkan status TERAKREDITASI melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi dengan nomor : 002/BAN-PT/Ak-II/XII/1998. Disusul kemudian oleh program studi Manajemen No. 017/BAN-PT/Ak IV/VII/2000 dan Ilmu Komputer No. 021/BAN-PT/Ak IV/VIII/2000.

Pada bulan Desember 2001 karena telah berakhir masa berlaku status terakreditasi bagi Fakultas Teknik, maka UKRIM mengajukan kembali kepada Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dan mendapat status terakreditasi dengan  SK nomor : 002/ BAN-PT/Ak-IV/S1/III/2002.

Untuk menjawab kebutuhan jaman yang semakin kompleks dengan problema dan konflik yang mengakibatkan krisis dalam segala bidang, khususnya batiniah/rohani, maka pada bulan Juni 2001  telah dibuka  program studi Konseling Kristen (S1) yang diharapkan akan menjadi suatu wadah konseling yang berlandaskan  Firman Tuhan.

Sehingga sampai saat ini UKRIM memiliki 4 Fakultas dengan 8 program studi.

Pada bulan Juli 2002,  pada Fakultas Agama Kristen prodi Musik Gereja mendapat status TERDAFTAR pada Departemen Agama Republik Indonesia (Depag RI).

Melalui SK Dirjen Bimas Kristen Depag RI Nomor DJ.III/Kep/HK.00.5/125/4208/2003 tanggal 25 September 2003 Program Studi Pendidikan Agama Kristen mendapat status DIAKUI.

Pada tahun 2008, Departemen Agama RI mempercayakan Program Magister Pendidikan Kristen kepada UKRIM dengan SK nomor DJ III/KEP/HK.00.5/281/2008 tertanggal 8 Oktober 2008.

Pada tahun 2011 ini 7 prodi sudah terakreditasi dan 1 lainnya sedang mempersiapkan diri, sehingga diharapkan pada tahun 2012 sesuai aturan pemerintah, semua prodi di UKRIM sudah terakreditasi semua.

Untuk kegiatan akademiknya Universitas Kristen Immanuel (UKRIM) menggunakan bangunan milik sendiri seluas 7.076,42 m² di atas tanah area 40.141 m² yang beralokasi di Jl. Solo Km 11, 1 Purwomartani Kalasan Sleman Yogyakarta.

Pergantian Pimpinan

• Pada tanggal 17 Juni 1995 ada pergantian pimpinan yaitu : DR. Chris Marantika, D.D yang semula menjabat sebagai Rektor UKRIM diangkat sebagai Ketua Yayasan Iman Indonesia, selanjutnya Drs. Paulus L. Kristianto, M.Th, M.Si diangkat sebagai Rektor UKRIM menggantikan Pdt Dr. Chris Marantika.
• Pada tanggal 31 Agustus 2004 kembali lagi terjadi pergantian kepemimpinan, oleh karena Rektor lama telah mengalami kepemimpinan 2 kali berturut-turut. George Iwan Marantika, MBA menggantikan Rektor lama Drs. Paulus Lilik Kristianto, Th.M, M.Si
• Tanggal 31 Agustus 2008 Bapak George Iwan Marantika, MBA  kembali terpilih sebagai Rektor untuk kedua kalinya untuk periode 2008-2012.

Jumlah dosen /staf akademik 107 orang dengan 64 orang dosen tetap dan 43 orang staf paruh waktu. Untuk meningkatkan mutu staf akademik, UKRIM terus mengutus stafnya untuk studi lanjut. Sampai dengan September 2002 jumlah dosen yang sedang studi lanjut ada 13 orang untuk program S2 dan S3. (90 % Dosen bergelar S2 dan S3).

Jumlah mahasiswa aktif pada semester gasal 2002/2003  : 855 orang.

Sampai dengan September 2003 ini jumlah lulusan ada 1442 yang bekerja dalam bermacam-macam instansi/perusahaan baik negeri maupun swasta, diantaranya Pemda, Bank Lippo, Bank Danamon, Bank BCA,Bank Permata, Sinar Mas Group, Indocement, Maspion Group, Gudang Garam, Tjiwi Kimia, Telkom, Djarum, Astra dll. (80 % alumni bekerja dan berwirausaha)

Selain perpustakaan di tiap-tiap Fakultas, juga disediakan sarana Perpustakaan Pusat.

Laboratorium yang disediakan :; Lab. Puskom,  Lab. Internet, Lab. Fisika, Lab. Digital, Lab. Mekanika Tanah, Lab. Hardware, dan Lab. Bengkel.

Dalam rangka mendekatkan mahasiswa dengan industri dan profesional maka bagi setiap mahasiswa diwajibkan mengambil mata kuliah kewirausahaan . Di dalam mata kuliah ini UKRIM menghadirkan para praktisi profesional dan unggulan untuk berinteraksi dengan mahasiswa dan bagi wawasan akan dunia kerja yang sesungguhnya. Sehingga calon sarjana UKRIM tidak canggung untuk menjadi profesional yang siap pakai maupun calon pengusaha yang menciptakan lapangan pekerjaan.